MASA MIGRASI burung ke Danau Limboto, juga lokasi lain di Gorontalo secara periodik dapat disaksikan antara bulan Agustus-Oktober. Pada rentang waktu ini banyak disaksikan beberapa jenis burung migran, kedatangan mereka secara bergelombang, bergantian dalam kelompok-kelompok yang mudah diamati, seperti trinil semak (Tringa glareola), trinil kaki hijau (Tringa nebularia), trinil rumbai (Philomachus pugnax), trinil kaki merah (Tringa totanus),kedidi leher merah (Calidris ruficollis), kedidi ekor tajam (Calidris acuminata), kedidi golgol (Calidris ferruginea), cerek kernyut (Pluvialis fulva), cerek pasir besar (Charadrius leschenaultii), cerek kalung besar (Charadrius dubius), berkik ekor lidi (Gallinago stenura), biru laut ekor blorok (Limosa lapponica), dan masih banyak lagi jenis lainnya.

Banyaknya jenis burung migran ke Danau Limboto menunjukkan danau kaya substrat ini menjadi habitat penting burung migran, setiap periode musim migrasi selalu menjadi persinggahan tetap mereka.

Keberadaan Danau Limboto menjadi sangat penting dalam jalur migrasi yang ada di jalur terbang Asia-timur Australasia (EAAF).

Kemitraan bisa dikembangkan oleh pemerintah, perguruan tinggi dan organisasi non pemerintah dalam melindungi dan melestarikan habitat burung migran. Pelestarian Danau Limboto juga menjadi isu penting, bahkan di tingkat internasional.